日語系與深圳大學這所特區(qū)窗口大學共同成長，1983年開始面向全校的日語教學，1995年正式建系，每年招收本科生40-50名。2012年設立碩士點，每年招收日語語言、文學文化、日語教育三個研究方向6-8名學生?，F(xiàn)有專任教師13名，其中有博士學位的教師10名。

本系實施“零起點”教學，采取“語言技能+專業(yè)方向”培養(yǎng)模式，注重“聽說讀寫”基本功的學習與訓練，培養(yǎng)實用型人才。同時注重人文修養(yǎng)的熏陶，高年級輔助開設日語語言學基礎、日本文學文化概論、日本文學經(jīng)典選讀、日本歷史、日本哲學思想等專業(yè)課程，豐富學生的知識結(jié)構(gòu)，培養(yǎng)學生思考能力和學術研究意識。

本系與明治大學、立命館大學、大阪大學、神奈川大學、早稻田大學等多所日本名校建立了友好交流，每年派遣交換留學生公費或自費赴日留學，并與札幌大學合作建立了2+2雙學位雙校園培養(yǎng)項目，為學生提供多種留學深造途徑。

2016年6月本系成立外國語學院東亞研究中心。中心立足深圳，服務地區(qū)，放眼東亞與世界，運用文學、歷史學、哲學等人文社科研究方法，摸索東亞社會文化的總體特征，探尋其文化流動與發(fā)展的內(nèi)在文化機理，探索新時期東亞研究的新路徑。每年邀請海內(nèi)外知名學者和青年學人進行學術交流，建立廣泛的學術合作研究。