1956年9月，中央音樂學院在全國音樂藝術(shù)院校中，率先建立了音樂學系(Musicology Department )。經(jīng)過近60年的辛勤工作，音樂學系在學科建設(shè)上已形成相對完整的教學體系和相對雄厚的學術(shù)力量。1982年，國務(wù)院學位委員會批準中央音樂學院音樂學學科為碩士學位授權(quán)點；1988年，為博士學位授權(quán)點。目前，除音樂學專業(yè)外，音樂藝術(shù)管理和音樂治療專業(yè)也具有碩士學位授權(quán)資格。在音樂學學科的專業(yè)設(shè)置、課程結(jié)構(gòu)、師資隊伍、學術(shù)研究、人才培養(yǎng)等方面，中央音樂學院音樂學系站在全國音樂學學科建設(shè)與發(fā)展前列，是中國音樂學學科教學和研究的一個重要基地。
　　音樂學系目前設(shè)中國音樂史、中國傳統(tǒng)音樂理論、西方音樂史、音樂美學、世界民族音樂理論、音樂藝術(shù)管理、音樂治療7個專業(yè)方向，有民族音樂實驗室、多媒體工作室、世界音樂演奏實習中心、歐洲早期音樂中心、音樂美學研究中心、音樂心理學研究室，另附設(shè)中央音樂學院遠程教育學院認證課室。各專業(yè)所設(shè)課程總和已超過80余門。在這些理論課程中，有多門在國內(nèi)屬唯一開設(shè)。所有主干課程（含中國傳統(tǒng)音樂、中國音樂史、西方音樂史、世界民族音樂、音樂美學）均具有我系教師自編教材和現(xiàn)代化教學能力。從建系至今，音樂學系教師已出版和發(fā)表專著、教材和論文萬余部（篇），許多研究成果填補了國內(nèi)外音樂學學科建設(shè)的空白，并被國內(nèi)和海外多所院校采用。
　　音樂學系現(xiàn)有教授24名（含外籍特聘教授2名），副教授8名；博士生指導教師26名（含4名外聘博導），碩士生指導教師45名（含博士生導師）；另有講師4名，助教1名，外聘教師4名。
　　2015年，音樂學系在校學生共275人，其中本科生音樂學專業(yè)80人，藝術(shù)管理專業(yè)27人，音樂治療專業(yè)28人；碩士研究生90人，博士生50人。