環(huán)境工程專業(yè)隸屬于環(huán)境科學(xué)與工程一級學(xué)科。1987年開始招收本科生（原江漢石油學(xué)院），是當(dāng)時石油院校中第一個獲教育部批準(zhǔn)招收環(huán)境工程本科專業(yè)院校。2003年經(jīng)教育部批準(zhǔn)組建長江大學(xué)，由原江漢石油學(xué)院、湖北農(nóng)學(xué)院等相關(guān)環(huán)境專業(yè)整合組建環(huán)境工程系。2003年獲批“環(huán)境工程專業(yè)”二級學(xué)科碩士點；2011年獲批“環(huán)境科學(xué)與工程”一級學(xué)科碩士點（含環(huán)境工程、環(huán)境科學(xué)專業(yè)）。
環(huán)境工程系現(xiàn)有教職工12人，其中教授5人，副教授2人，博士6人，碩士3人，碩士生導(dǎo)師5人,博士生導(dǎo)師1人。承擔(dān)研究生、本科生課程36余門，現(xiàn)有全日制在校學(xué)生230人(含碩士研究生)，其中本科生218名，碩士研究生12名。
環(huán)境工程系技術(shù)力量雄厚，儀器設(shè)備先進。實驗室總面積1000多平方米，實驗儀器設(shè)備總價值350多萬元。擁有國家石油石化污染物控制與處理重點實驗室、中國石油HSE重點實驗室、中央與地方共建環(huán)境化學(xué)研究中心、校企共建的微生物采油湖北省工程研究中心、校級油氣田環(huán)境保護研究所、校級農(nóng)村環(huán)境保護咨詢服務(wù)中心。承擔(dān)國家重點攻關(guān)項目、省部級重點攻關(guān)項目10余項，先后獲得省部級科技進步一等獎2項，二等獎2項，三等獎2項，獲批專利10余項。在國內(nèi)外公開出版的刊物上發(fā)表論文近200篇，其中SCI、EI收錄30余篇，出版專著5部。
環(huán)境工程系主要研究方向：油氣田環(huán)境保護、水處理技術(shù)、石油環(huán)境微生物技術(shù)、能源環(huán)境科學(xué)、農(nóng)業(yè)環(huán)境保護技術(shù)、固體廢物處理與處置等。