學(xué)院始建于1958年，前身是內(nèi)蒙古農(nóng)牧學(xué)院農(nóng)田水利系，1990年更名為水利工程系，1999年農(nóng)林兩校合并更名為水利與土木建筑工程學(xué)院。學(xué)院下設(shè)水利工程系、資源環(huán)境系、土木工程系、測繪工程系等4個(gè)教學(xué)系和1個(gè)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心（水利土木工程綜合實(shí)驗(yàn)中心）。水利土木工程綜合實(shí)驗(yàn)中心下設(shè)4個(gè)綜合實(shí)驗(yàn)室，共21個(gè)功能實(shí)驗(yàn)室。
學(xué)院現(xiàn)有教職工109人，其中教授30人，副教授30人，高級(jí)實(shí)驗(yàn)師4人。有自治區(qū)級(jí)教學(xué)名師5人，自治區(qū)級(jí)教壇新秀3人，自治區(qū)杰出人才獎(jiǎng)獲得者1人，新世紀(jì)“百千萬人才工程”國家級(jí)人選1人，教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃1人，享受政府特殊津貼和自治區(qū)有突出貢獻(xiàn)的中青年專家11人，自治區(qū)培養(yǎng)“草原英才”二、三類人選5人。
學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)業(yè)水利工程、水利水電工程、水文與水資源工程、環(huán)境工程、地質(zhì)工程、給排水科學(xué)與工程、土木工程、建筑學(xué)、工程造價(jià)和測繪工程共10個(gè)本科專業(yè)，2018年在校本科生2340人。其中，農(nóng)業(yè)水利工程專業(yè)為國家特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，自治區(qū)重點(diǎn)建設(shè)專業(yè)、品牌專業(yè)，2014年通過教育部工程教育專業(yè)認(rèn)證，并入選國家第一批卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)“復(fù)合應(yīng)用型”農(nóng)林人才計(jì)劃項(xiàng)目試點(diǎn)專業(yè)；水文與水資源工程專業(yè)為國家特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，自治區(qū)品牌專業(yè)，2009年通過教育部工程教育專業(yè)認(rèn)證，2012年通過延期認(rèn)證，2015年再次通過教育部工程教育專業(yè)認(rèn)證。學(xué)院共有6個(gè)自治區(qū)品牌專業(yè)（農(nóng)業(yè)水利工程、水文與水資源工程、土木工程、給排水科學(xué)與工程、環(huán)境工程和測繪工程），9門自治區(qū)精品課程和4個(gè)自治區(qū)教學(xué)團(tuán)隊(duì)。
學(xué)院各專業(yè)培養(yǎng)體現(xiàn)“厚基礎(chǔ)、寬領(lǐng)域”和“大眾化教育”的目標(biāo)要求，針對(duì)學(xué)生生源的層次和對(duì)課程的不同需要，將課程平臺(tái)分級(jí)設(shè)置，旨在不斷建立和實(shí)施“大類培養(yǎng)融通化、基礎(chǔ)培養(yǎng)規(guī)格化、專業(yè)培養(yǎng)分流化、分級(jí)培養(yǎng)層次化、導(dǎo)向培養(yǎng)精英化”的人才培養(yǎng)模式。除建筑學(xué)、地質(zhì)工程、給排水科學(xué)與工程、測繪工程和工程造價(jià)等專業(yè)外，其它各專業(yè)學(xué)生，經(jīng)過一年的基礎(chǔ)教育，經(jīng)考核成績優(yōu)秀者，可自愿申請(qǐng)轉(zhuǎn)入農(nóng)業(yè)水利工程專業(yè)的“復(fù)合應(yīng)用型”卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)計(jì)劃項(xiàng)目試點(diǎn)班單獨(dú)培養(yǎng)。同時(shí)，為培養(yǎng)適應(yīng)社會(huì)需求的復(fù)合型人才，鼓勵(lì)各專業(yè)學(xué)有余力的學(xué)生多方面發(fā)展，允許優(yōu)秀學(xué)生從第三學(xué)期開始選修攻讀主輔修、雙學(xué)位等專業(yè)課程。
學(xué)院現(xiàn)有農(nóng)業(yè)工程博士后科研流動(dòng)站1個(gè)，農(nóng)業(yè)工程、水利工程一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)2個(gè)，農(nóng)業(yè)水土工程、農(nóng)業(yè)水資源利用與保護(hù)、農(nóng)業(yè)水利工程和農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程4個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)；土木工程一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)1個(gè)，農(nóng)業(yè)水土工程、水文學(xué)及水資源、水工結(jié)構(gòu)工程、水利水電工程、水力學(xué)及河流動(dòng)力學(xué)、結(jié)構(gòu)工程、市政工程、水利測繪信息與技術(shù)、農(nóng)業(yè)水資源利用與保護(hù)、農(nóng)業(yè)水利工程和農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)11個(gè)，有農(nóng)業(yè)工程、水利工程、建筑與土木工程領(lǐng)域3個(gè)專業(yè)學(xué)位碩士點(diǎn)。現(xiàn)有碩士研究生148人，博士研究生39人，留學(xué)生（碩士）3人。農(nóng)業(yè)水土工程學(xué)科為國家重點(diǎn)（培育）學(xué)科，農(nóng)業(yè)水土工程和水文學(xué)及水資源學(xué)科為自治區(qū)重點(diǎn)學(xué)科，水工結(jié)構(gòu)工程學(xué)科為自治區(qū)重點(diǎn)（培育）學(xué)科；測繪信息實(shí)驗(yàn)中心為自治區(qū)級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心，水資源保護(hù)與利用實(shí)驗(yàn)室為自治區(qū)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；有1個(gè)教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，3個(gè)自治區(qū)“草原英才”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，1個(gè)科技部重點(diǎn)領(lǐng)域創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，1個(gè)自治區(qū)工程技術(shù)研究中心。
2017年獲批國家自然科學(xué)基金11項(xiàng)，獲批自治區(qū)重大專項(xiàng)1項(xiàng)、自然科學(xué)基金5項(xiàng)、科技廳項(xiàng)目2 項(xiàng)、水利廳項(xiàng)目5項(xiàng)、農(nóng)業(yè)綜合開發(fā)項(xiàng)目2項(xiàng)，合計(jì)經(jīng)費(fèi)1986萬元。承擔(dān)橫向課題14項(xiàng)，合同經(jīng)費(fèi)754萬元。獲自治區(qū)科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)，獲教育部科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)1項(xiàng)。發(fā)表論文123篇，其中SCI 9篇，EI收錄12篇，中文核心期刊91篇，其中CSCD 81篇。獲專利4項(xiàng)。1個(gè)教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)獲得教育部滾動(dòng)支持。1人入選第三批國家萬人計(jì)劃科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才。學(xué)生獲國家級(jí)專業(yè)技能競賽一等獎(jiǎng)2項(xiàng)、二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、三等獎(jiǎng)2項(xiàng)，獲自治區(qū)級(jí)專業(yè)技能競賽特等獎(jiǎng)3項(xiàng)、二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、優(yōu)秀獎(jiǎng)1項(xiàng)。