1959年成立中國人民解放軍新疆軍區(qū)生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)農(nóng)學(xué)院（簡稱兵團(tuán)農(nóng)學(xué)院）畜牧獸醫(yī)系，1994年成立石河子農(nóng)學(xué)院動物科學(xué)系，2001年成立動物科技學(xué)院，是石河子大學(xué)傳統(tǒng)優(yōu)勢學(xué)院之一。
學(xué)院緊密結(jié)合兵團(tuán)區(qū)域經(jīng)濟(jì)建設(shè)，經(jīng)過近20年的建設(shè)與發(fā)展，在人才培養(yǎng)、師資隊(duì)伍建設(shè)、學(xué)科建設(shè)、學(xué)術(shù)團(tuán)隊(duì)結(jié)構(gòu)的優(yōu)化、科研水平提高等方面取得突破性進(jìn)展，成效顯著；科研平臺、基地建設(shè)和人才培養(yǎng)環(huán)境明顯改善，在兵團(tuán)和地方開展了廣泛而深入的社會和經(jīng)濟(jì)服務(wù)，學(xué)科方向具有較顯著的區(qū)域特色。涌現(xiàn)出榮獲“農(nóng)業(yè)部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家和教育部、人事部有突出貢獻(xiàn)的回國留學(xué)人員”稱號的姜悅平教授，“農(nóng)業(yè)部教書育人先進(jìn)教師、兵團(tuán)職業(yè)道德先進(jìn)個人”稱號的張高軒教授，“兵團(tuán)勞動模范、自治區(qū)優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)工作者”稱號的李一善教授，“全國模范教師暨自治區(qū)、兵團(tuán)優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”稱號的代江生教授等許多知名教師。
學(xué)院下設(shè)動物醫(yī)學(xué)系、動物科學(xué)系；設(shè)有2個本科專業(yè)——動物醫(yī)學(xué)專業(yè)和動物科學(xué)專業(yè)；動物醫(yī)學(xué)為國家級特色專業(yè)，動物科學(xué)專業(yè)入選教育部卓越農(nóng)林人才教育培養(yǎng)計(jì)劃改革試點(diǎn)項(xiàng)目（拔尖創(chuàng)新型）。畜牧學(xué)為國家一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)和博士后流動站，獸醫(yī)學(xué)為一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。“動物生產(chǎn)與疾病控制”是國家“211工程”重點(diǎn)建設(shè)項(xiàng)目。畜牧學(xué)和獸醫(yī)學(xué)均為新疆維吾爾自治區(qū)高原學(xué)科。
學(xué)院教職工81人，其中專任教師61人，其中教授23人，副教授27人，高級實(shí)驗(yàn)師8人。專任教師中具有博士學(xué)位者47人，有出國留學(xué)經(jīng)歷的12人，高級職稱教師占專任教師的81.97%。雙聘院士3人，享受政府特殊津貼人員 2人，農(nóng)業(yè)部有突出貢獻(xiàn)專家2 人，自治區(qū)突出貢獻(xiàn)優(yōu)秀專家1 人，兵團(tuán)英才3人，兵團(tuán)優(yōu)秀青年教師1人，兵團(tuán)中青年領(lǐng)軍人才2人。
本科生723人，生師比11.85:1；各類在校研究生278人，其中博士研究生63人。學(xué)院立足西北邊疆和兵團(tuán)農(nóng)墾事業(yè)，始終堅(jiān)持“專業(yè)知識扎實(shí)，實(shí)踐技能過硬”的教育理念，在近60年的辦學(xué)過程中，培養(yǎng)了一大批社會實(shí)踐能力強(qiáng)和具有創(chuàng)新精神的高級畜牧獸醫(yī)專業(yè)人才，廣泛受到農(nóng)牧團(tuán)場和企業(yè)的歡迎。學(xué)院連續(xù)獲得第三屆、第四屆全國“生泰爾杯”大學(xué)生動物醫(yī)學(xué)專業(yè)技能大賽一等獎，全國大學(xué)生第二屆動物科學(xué)專業(yè)技能大賽一等獎。
學(xué)院現(xiàn)有“動物健康養(yǎng)殖”國家級國際聯(lián)合研究中心， “動物遺傳改良與疾病控制” 自治區(qū)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， “動物疾病防控” 兵團(tuán)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；“綿羊育種與疾病控制”兵團(tuán)國際科技合作基地；新疆畜牧獸醫(yī)科技服務(wù)生產(chǎn)力促進(jìn)中心等5個實(shí)驗(yàn)平臺。有自治區(qū)和兵團(tuán)精品課程3門。有預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室、基礎(chǔ)獸醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室、臨床獸醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室、動物遺傳育種與繁殖實(shí)驗(yàn)室、動物飼料與營養(yǎng)實(shí)驗(yàn)室5個本科教學(xué)實(shí)驗(yàn)室。各種儀器設(shè)備2000多臺套，總價值5299.19萬元。有本科學(xué)生專業(yè)綜合實(shí)習(xí)點(diǎn)63個，校外產(chǎn)學(xué)研教學(xué)實(shí)習(xí)基地39個。學(xué)院設(shè)有畜牧試驗(yàn)站、飼料添加劑廠、動物醫(yī)院等校內(nèi)教學(xué)、科研與成果轉(zhuǎn)化基地。新建的面積為1100平米的石河子大學(xué)動物館，收藏了200多種家養(yǎng)動物和野生動物標(biāo)本，成為學(xué)生專業(yè)教育和普及科學(xué)文化知識的基地。
近年來，學(xué)院先后承擔(dān)了國家重大基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃“973專項(xiàng)”、國家轉(zhuǎn)基因?qū)ｍ?xiàng)、國際科技合作重大項(xiàng)目、國家自然科學(xué)基金、教育部、兵團(tuán)項(xiàng)目及各類橫向項(xiàng)目等192項(xiàng)，科研經(jīng)費(fèi)達(dá)5000余萬元。獲得兵團(tuán)科技進(jìn)步一等獎1項(xiàng)，二等獎3項(xiàng)；獲國家授權(quán)發(fā)明專利31件；發(fā)表學(xué)術(shù)論文400多篇，其中SCI、EI論文100余篇。
學(xué)院堅(jiān)持“開發(fā)、合作”的理念，積極拓展國內(nèi)國際合作與交流，持續(xù)提升學(xué)院影響力。與新西蘭、日本、俄羅斯、哈薩克斯坦等國家的多所著名大學(xué)或科研機(jī)構(gòu)建立校際合作關(guān)系，承辦了“上合組織國家現(xiàn)代畜禽養(yǎng)殖和疾病防治培訓(xùn)班”。近四年先后邀請國外專家10余人次，國內(nèi)專家20余人次來院做報(bào)告和進(jìn)行學(xué)術(shù)交流，選派教師13人次到國外訪學(xué)或進(jìn)修，教師18人次到國外參加國際學(xué)術(shù)會議。每年接待合作研究與交流人員達(dá) 50 人次以上，選派36名本科生赴華南農(nóng)業(yè)大學(xué)插班學(xué)習(xí)。華南農(nóng)業(yè)大學(xué)每年選派教師赴我院支教和學(xué)術(shù)交流。
秉承“明德正行、博學(xué)多能”的校訓(xùn)，堅(jiān)持立德樹人，堅(jiān)持教學(xué)、科研兩個中心，堅(jiān)持產(chǎn)學(xué)研緊密結(jié)合，不斷完善人才培養(yǎng)體系，以為國家培養(yǎng)高質(zhì)量專門畜牧獸醫(yī)人才為己任，努力把學(xué)院建設(shè)成為人才培養(yǎng)體系完善、專業(yè)特色鮮明、區(qū)內(nèi)領(lǐng)先、西北有較大影響的高水平教學(xué)研究型學(xué)院。