云南農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院的前身是國立云南大學農(nóng)學院畜牧系，始創(chuàng)于1950年，1960年在小哨建立云南畜牧獸醫(yī)學院，1961年云南畜牧獸醫(yī)學院、昆明農(nóng)學院和昆明林學院三個學校合并為昆明農(nóng)林學院小哨分院，1964年遷至昆明農(nóng)林學院本部黑龍?zhí)冻闪⑿竽莲F醫(yī)系，1969年搬遷至大理賓川縣，1970年遷至尋甸縣，1971年2月昆明農(nóng)林學院畜牧獸醫(yī)系與云南農(nóng)業(yè)勞動大學畜牧獸醫(yī)系合并成立云南農(nóng)業(yè)大學畜牧獸醫(yī)系，1979年由尋甸縣遷至昆明市黑龍?zhí)杜裕?995年成立云南農(nóng)業(yè)大學動物科學技術(shù)學院，2017年7月成立云南農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院。學院下設基礎獸醫(yī)學系、預防獸醫(yī)學系、臨床獸醫(yī)學系3個系，有1個動物醫(yī)學實踐教學中心、1所學院附屬動物醫(yī)院。學院以本科教育為主，同時積極拓展研究生教育，2018年有全日制在校本科生744人，學術(shù)碩士研究生108人。
學院現(xiàn)在編教職工53人，學科62人，其中教授16人、副教授16人，碩士生導師27人，博士生導師3人，高級實驗師5人，獲博士學位27人，碩士學位人24人，云嶺學者1人，云南省中青年學術(shù)和技術(shù)帶頭人及后備人才 3人，云南省學術(shù)技術(shù)創(chuàng)新人才1人，基礎獸醫(yī)與預防獸醫(yī)學省級重點學科帶頭人1人，教育部骨干教師1人，新中國60年畜牧獸醫(yī)科技貢獻獎（杰出人物）1人，云南省教學名師 1人，云南省高層次人才特支高校教學名師1人，云南省創(chuàng)新團隊 1個，云南省高校創(chuàng)新團隊 3個，國務院全國獸醫(yī)專業(yè)學位教學指導委員會委員 1人，產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位專家3人。云南省院士工作站 2個，云南省專家工作站 1個。
2001年基礎獸醫(yī)學與預防獸醫(yī)學獲省級重點學科，2003年被批準為獸醫(yī)專業(yè)學位授權(quán)點，獸醫(yī)專業(yè)2007年被列為云南省重點建設專業(yè)、2009年列為云南省特色專業(yè)建設，2010年獸醫(yī)學科被國務院學位辦列為一級學科學術(shù)學位碩士授權(quán)點，涵蓋預防獸醫(yī)學、臨床獸醫(yī)學、基礎獸醫(yī)學、獸醫(yī)公共衛(wèi)生學4個二級學科碩士點和獸醫(yī)專碩，2010年動物醫(yī)學專業(yè)實驗教學中心被列為云南省高校本科實驗示范教學中心進行建設，2011年獸醫(yī)學被列為云南省“十二五”優(yōu)勢特色重點學科，2016年獸醫(yī)專業(yè)被列為云南省品牌專業(yè)建設。
學院圍繞云南高原特色養(yǎng)殖業(yè)中的動物健康、獸醫(yī)公共衛(wèi)生問題和學科前沿領(lǐng)問題開展科研工作，同時利用動物基因編輯和體細胞克隆技術(shù)，開展人類重大疾病動物模型的構(gòu)建及異種器官移植的研究，形成了明顯的區(qū)域研究優(yōu)勢和特色，并取得了一系列突破性重要成果。魏紅江教授團隊2013年獲得世界第一頭孤雌生殖克隆豬，該成果2013年被評為云南十大科技進展，2017年逆轉(zhuǎn)錄病毒失活克隆豬成果以封面文章在國際頂級期刊《Science》上發(fā)表。
2010年以來承擔國家及省部級等科研項目124項，科研經(jīng)費8291.5萬元。其中國家級35項（1725.8萬元），國家自然科學基金項目 31項（1397.8萬元），973計劃項目1項，國家重點研發(fā)計劃子課題3項，云南省基礎研究計劃重大項目 1項，云南省對外科技合作計劃 1項，云南省基礎研究計劃重點項目4項，校企等橫向項目30項。2010--2018年發(fā)表學術(shù)論文636篇，其中在Science、Cell和Plos Biology等國際頂級期刊上發(fā)表SCI學術(shù)論文141篇，單篇最高IF為41.058。主編、參編教程57部，獲授權(quán)專利34項，科技成果獎14項（教學科研獎3項），含云南省自然科學二等獎（排名第一）1項，云南省自然科學三等獎（排名第一）2項，湖南省技術(shù)發(fā)明一等獎（排名第四）1項。
學院秉承“開學養(yǎng)正、耕讀至誠”的精神，踐行“厚德博學、明理尚農(nóng)”的校訓，堅持新時代中國特色社會主義思想辦學方向，以本科教育為重點，以學科和科研平臺建設為龍頭，進一步凝練學科發(fā)展方向，大力提高研究生教育，把強化學生專業(yè)素質(zhì)教育和創(chuàng)新能力培養(yǎng)作為辦學目標，把培養(yǎng)高素質(zhì)、復合型動物醫(yī)學人才作為學院的使命，努力把學院建成為綜合實力處于全國高等農(nóng)林院校同類學院中有影響力的教學科研型學院，為云南高原特色農(nóng)業(yè)發(fā)展做出更大的貢獻。